Prvá správa o existencii mestskej latinskej školy je už v druhej polovici 14. storočia, kedy mesto Bardejov bolo povýšené na slobodné kráľovské mesto a tiež skutočnosti, že študentov z Bardejova nachádzame zapísaných v matrike Karlovej univerzity a na Univerzite v Krakove.

   Bardejovskú mestskú školu v 15. a 16. storočí vydržiaval magistrát za podpory kostola sv. Egídia a Bratstva Matky Božej. V období nástupu humanistických a renesančných myšlienok v roku 1508 vzniklaBardejove evanjelická Humanistická škola, ktorá si získala slávu v celom Uhorsku. Pôsobil na nej významný pedagóg, humanistický básnik Valentín Eck. Kvalitatívnym prínosom pre ďalší vývoj školy bol príchod bardejovského rodáka, Lutherovho žiaka - Leonarda Stöckela zo štúdií v nemeckom Wittenbergu. Túto školu viedol od roku 1539 s krátkou prestávkou 21 rokov a škola dosiahla pod jeho vedením modernými vyučovacími metódami vysokú úroveň, stala sa vyhľadávanou školou detí popredných šľachtických a meštianskych rodín. Dobrá povesť školy nezanikla ani po smrti L. Stöckela (r. 1560), na čom mali zásluhu jeho žiaci a zať Tomáš Fábry.

   17. storočie prinieslo prvé úpadky. Avšak najvýznamnejším pedagógom, ktorý vrátil bardejovskému gymnáziu stratený lesk a slávu, bol Eliáš Ladivert a jeho pedagogické zásady (školský poriadok, mimoškolské docvičovanie učiva).

   V období rekatolizácie koncom 17. storočia vyhnali evanjelických duchovných a učiteľov z mesta, a to bol jeden z dôvodov úpadku bardejovskej evanjelickej školy. Oživenie nastalo až v roku 1781 po vydaní tolerančného patentu Jozefom II.

   Od roku 1806 prebralo výchovno-vzdelávaciu funkciu v meste štvortriedne gymnázium.

K výraznému pomaďarčovaniu školstva došlo v r. 1896, keď vzniklo maďarské Kráľovské štátne gymnázium, ale pre slabý záujem študentov bolo v r. 1915 zatvorené. Bardejov zostal dlhé roky bez strednej školy, i keď Bardejovčania sa viackrát obrátili na vládu ČSR o jej zriadenie v Bardejove.

   V decembri 1936 rada mesta Bardejova znovu zaslala žiadosť vláde o zriadenie gymnázia a od 1. septembra 1937 sa začalo vyučovať na štátnej reálke. Opäť nastalo pokračovanie v tradícii bardejovského humanistického gymnázia.

   29. novembra 1938 sa začína vyučovať v nových priestoroch, v budove bývalého maďarského gymnázia, kde v tom čase sídlila meštianska škola.

   Vznikom slovenského štátu dochádza k ďalším zmenám v živote školy. Zo školy odchádzajú profesori a žiaci českej národnosti. Škola mení názov naGymnázium v Bardejove.

   Politické zmeny v štáte sa odrazili aj na vývoji školy. V 50-tych a 60-tych rokoch reformy v oblasti školstva viedli k postupnému splývaniu gymnázií so strednými školami a učilišťami. V roku 1960 vznikla Stredná všeobecno-vzdelávacia škola, v roku 1965/66 sa zaviedlo štúdium prírodovedného a humanitného zamerania, a v roku 1969 sa opäť zmenili na štvorročné gymnáziá. V súvislosti s realizáciou Projektu československej výchovno-vzdelávacej sústavy sa začalo od školského roka 1983/84 na gymnáziu s vyučovaním odborných predmetov:  základy ekonomiky a organizácie, základy technickej chémie, základy strojárstva, základy poľnohospodárskej výroby a programovanie.

   Osemdesiate roky sa nesú v duchu modernizácie školy. Získali sa investície na dobudovanie materiálno-technického zabezpečenia školy. Bola vybudovaná školská jedáleň, zrekonštruovaná kotolňa a k telocvični bola pristavená posilňovňa. V súvislosti s odchodom žiakov základnej školy do vlastnej budovy sa získali ďalšie priestory, ktoré sa využili na dobudovanie moderných učební a laboratórií v škole - pre fyziku, chémiu, biológiu.

   Závažné spoločensko-politické zmeny v novembri 1989 sa odrazili aj v živote školy. Predovšetkým sa zmenila koncepcia výchovy a vzdelávania s dôrazom na demokratizáciu a humanizáciu. Od roku 1990 k nám prichádzajú vyučovať cudzie jazyky zahraniční lektori, 97 študentov našej školy absolvovalo ročné štúdium v USA, Nemecku, Švajčiarsku, Francúzsku, Rusku, Holandsku, Kanade, JAR a úspešne reprezentovali a reprezentujú našu školu, ale aj mesto a republiku.

   V roku 1994 bol škole prepožičaný čestný názov Gymnázium Leonarda Stöckela.